No DXTORY tens lá no separador AUDIO a lista de channels que ele está a capturar, e por defeito só tem 1 canal (o do som do PC).
Basta clicares no botão "+" para adicionares outro canal e seleccionas o micro.
Assim ele vai-te criar um ficheiro de video com esses 2 canais, e assim que importares isso para o sony vegas por exemplo vais ter esses canais em separado e podes por exemplo tirar o som da tua voz, ou aplicares efeitos individualmente. É sempre bom ter esses 2 separados pois as vezes um está mais baixo que o outro e podes ajustar.
Quanto ao render, a melhor opção é MP4 - HD720p ou HD1080p. Eu uso a de 720p e como tenho uma boa gráfica mudo a opção de render para usar a placa gráfica em vez do CPU only.
Pesquisa na net "best render settings for youtube" e "best recording codec dor dxtory".